年内，本署进行一项员工意见调查，从员工作出的热烈反应，清楚显示他们对履行职责的热诚。
在这项调查中，94% 的员工就其日常职务、工作环境、培训安排、服务质素、管理措施及其他有关事宜提供意见。
事实上，在一九九八年五、六月间为期五周的实地调查中，署方共收回约5 500 份问卷。这是本署首次进行的全面员工意见调查。
调查所得的资料现正进行评估，其结果对於人力资源管理和提高服务质素工作方面的未来发展，将可提供宝贵的指引。
部门行政部由属首席行政主任职级的部门秘书掌管，其日常的工作主要与员工事务有关。
整体而言，部门行政部负责多种涉及人力资源管理、记录和系统管理、一般办公室行政工作、翻译服务，以及调配部门运输资源的工作。
在广泛使用中文的众多推广活动中，「中文日」最为瞩目。
参加中文日各项比赛和录影带欣赏会的员工，约达300 名。
自推广使用中文工作小组於一九九六年三月成立以来，透过增加中文的培训课程、把视窗电脑系统的中文版升级，以及提供更多中文字典和文书处理设备，一直有效地向员工推广使用中文。
本署除采取多项措施使各员工清楚了解其公共服务目标的「抱负、使命及信念」外，还在一九九八年五月举行了两次为期半日的研讨会，激发署内的专业和有关职系的人员就此课题进行讨论。\ 其後，曾参与研讨会的400 名员工在其所属组别再举行会议和组织讨论小组，藉以进一步宣传部门所定「抱负、使命及信念」的基本理念和原则，以及把这些原则应用於日常的工作和事务。
在一九九八年十二月至一九九九年二月期间，署方亦跟进为专业及督察级人员举行15 次全日的「拥有抱负、使命及信念工作坊」。
除最近进行的意见调查外，员工亦可经常透过体制完善的部门协商委员会表达意见。
该委员会由副署长出任主席，设有八个支援的小组委员会，全年均定期举行会议，藉以加强管职双方的沟通，促进彼此的融洽关系。
此外，署方亦与五个主要代表部门职系人员的职工会保持密切联络，商讨有关人事编制、员工培训和工作量等事宜。
另一方面，本署亦推行员工建议书奖励计划，并为此设立一个专责委员会，由副署长担任主席。举凡有关服务水平、工作效率、公众形象、善用人力资源和设备的节流措施、激励员工和提高工作兴趣及士气等员工建议，均交由该委员会评审。
对於有助改善服务和提高运作效率的建议，署方会根据其优点和可行性，颁发现金奖或嘉许奖状，以资奖励。
为促进团结合作精神，激发员工对工作的兴趣，本署亦经常举办各类服务表现比赛，优胜者可获发现金奖或奖状。年内，本署曾举办十项有关客户服务和工作表现的比赛。
同时，本署也经常举办各种体育赛事，以促进员工关系，为员工提供有益身心的活动。年内举办的保龄球、三人篮球、网球、壁球和羽毛球等十项体育赛事，员工均踊跃参加。
为嘉许表现优异或长期服务的员工，以及各项体育赛事的得奖者，署方每年年中均会举行颁奖典礼。
在一九九九年二月举行的规划、环境及地政/ 工务部门运动会中，水务署共夺得十五面金牌、十三面银牌和十五面铜牌，因而赢得男、女子最佳运动员和全场最佳部门奖。
同时，本署也举办各种康乐活动，包括周年聚餐、春节儿童联欢会、龙舟竞渡和部门郊游活动。
另一方面，本署设有水务署福利基金，为有需要的员工提供免息贷款、补助金和其他援助，同时资助各项社交、康乐和体育活动、提供运动器材、支付探望留医患病员工所需的费用，并为初级员工提供子女购书补助金。
此外，本署亦设有奖学金，表扬那些在香港中学会考取得优异成绩的员工子女。
员工福利方面，本署分别在一九七零和一九八零年代成立两个储蓄互助社，以非牟利的合作组织形式为员工提供福利。除提供信贷服务外，该两个互助社还鼓励会员储蓄。
除此之外，本署每季均出版一份名为「点滴」的中英双语通讯，专门报道员工的消息和活动，并分发给全体员工阅读。