年内，财务管理科推行多项崭新的工作，令服务更趋完善，在一九九九年三月实施的抄录终结用户水表读数的工作，便是其中一环。
该科进行的其他重要工作，还包括增强及测试发单资料系统及电子抄表系统，使之顺利过渡公元二千年，并且为客户谘询中心设计和发展资讯系统。
此外，该科亦为客户谘询中心及电话谘询组进行客户意见调查。自一九九八年八月起，客户谘询中心星期一至五的服务时间已经延长。到了一九九九年四月，服务时间将会进一步延长。
财务管理科负责的六种职务均与市民息息相关，这些职务分别为财政、用户帐务、管理会计及系统、物料供应、客户谘询及抄表事务。
目前，市民可透过全港八间客户谘询中心与本署直接接触。各中心均设电脑终端机，以联机方式提供水费帐户的资料。
另外两个沟通途径，分别为电话谘询组及「水务谘询灵」自动电话资讯服务。其中「水务谘询灵」现时更以粤语、普通话和英语，为客户提供水务及帐户资料。
财务管理科由一名属库务署助理署长职级的业务经理掌管，须直接向水务署副署长负责，另有两名高级库务会计师和一名总物料供应主任辅助。
该科辖下财务组及用户帐务组，由一名高级库务会计师掌管，他负责协助部门的高层管理人员制订资源分配和每年制备预算草案的工作。此外，该名高级库务会计师亦负责检讨和监察部门的开支，以及检讨和精简各项涉及部门财政和水务帐户的财务制度及程序。
至於另一名高级库务会计师，则负责监督管理会计及系统组、客户谘询组和抄表组的运作。
管理会计及系统组由一名库务会计师掌管，负责水费及排污费发单系统的一切运作事宜。该组须就系统修订和改善事务，与库务署和各个使用有关系统的组别联络磋商；并须就各项新计划展开可行性研究，以及检讨所有电脑和人手操作系统。除此之外，管理会计及系统组亦为水费和其他收费的检讨工作，拟备成本计算表，并制备经营帐目和五年收支推算，每年提交水务帐目委员会审议，以便检讨水费。
物料供应组由一名总物料供应主任掌管，职责包括所有物料供应事务的执行和管理工作，并负责供应和采购各种物料。
内部稽核组由一名库务会计师掌管，负责定期查核本署的财务会计系统，并直接向水务署副署长负责。
审计署署长在有关政府部门生产力的报告书中，提到部分抄表员在执行户外工作时的签到问题。
本署除对有关员工作出纪律处分外，并且采取多项行政措施以改善情况，包括：