设计及建设科负责落实执行各项工程计划。未来数年，该科会动用约100亿元进行多项大型工程计划，为全港新房屋区及其他发展区供水。
其他多项进入後期阶段的工程计划如期进行，计有牛潭尾滤水厂第一阶段工程(日产量23万立方米)、大埔滤水厂第一阶段工程(日产量25万立方米)及为天水围预留区进行的供水系统扩展工程。至於为油塘区、大埔白石角及数码港拟议发展区供水的计划，亦已相继动工。
此外，正在进行的项目还有东涌新市镇供水系统建造工程、屯门和将军澳新市镇的供水系统扩展工程、深井滤水厂第二阶段的建造工程、为西九龙填海区第二阶段进行的供水系统扩展工程，以及港九两地的供水系统改善工程。
一九九八至九九年度由基本工程储备基金拨付的开支，共约29亿元。
设计及建设科根据策划部所拟备的可行性和规划研究报告，落实执行有关的工程计划，以应付预计的用水需求。该科由一名助理署长掌管。
该科曾致力扩展原水输送系统，以接收广东省对港增加的供水。继该项工作在九十年代中期完成後，该科便着手执行多项重要工作，以扩建各类食水处理、储存及分配设施。
掌管该科的助理署长有多名总工程师予以辅助，他们分别主管多个专责设计、建设、工程管理和顾问工程管理事务的分部。水务署日常的一般工作，均由内部的专业人员负责，而特别的工程计划项目，则委托顾问公司负责。
设计部负责为各项由水务署内部人员主理的水务工程计划，按时制备详细的设计、拟备招标文件和进行招标。在处理各项委托其他部门进行的水务工程计划期间，设计部亦会就设计和拟备合约的事宜，与有关部门及其顾问联络，以免出现衔接配合的问题。
在设计部曾参与的计划中，较受注目的计有港岛中西区、半山区、北角、油塘、茶果岭、鲤鱼门、将军澳、天水围、大埔，以及元朗和屯门区的食水及海水供应系统。同时，该部编制一套设计标准文件和水管敷设程序指南，并推行水管图则数码化的工作。
建设部负责执行配水库、滤水厂和水管等水务设施的建造合约，以及监督有关的工程；并负责管理工料测量组、土地测量组和物料管制的工作。
年内，建设部共批出四份合约，总值达1.9亿元。
该部现正加强品质管理，以期在二零零一年前取得ISO9000认证证书。
两个顾问工程管理部负责执行和管理各项委托顾问进行的新工程计划和特别研究，并负责甄选顾问和管理顾问合约。年内，两个顾问工程管理部共负责约20项大型水务工程计划的顾问合约，包括采用生物过滤、臭氧化程序及气泡浮聚净化程序等先进滤水科技的牛潭尾滤水厂和大埔滤水厂兴建工程计划。其他大型工程计划计有：邻近水务设施的700个已登记斜坡的检查与维修、应付天水围区新建楼宇的用水需求的供水计划、为符合最新法例规定而在现有滤水厂进行的污泥处理计划，以及全港的水管修复工程计划。
工程管理部专责管理各项署内执行的工程计划，主要负责加强内部的工程执行和管理能力，务求在不超出预算的情况下如期完成各项水务工程计划，并确保它们能保持现有各项服务和设施的卓越水准。