年內，本署進行一項員工意見調查，從員工作出的熱烈反應，清楚顯示他們對履行職責的熱誠。
在這項調查中，94% 的員工就其日常職務、工作環境、培訓安排、服務質素、管理措施及其他有關事宜提供意見。
事實上，在一九九八年五、六月間為期五周的實地調查中，署方共收回約5 500 份問卷。這是本署首次進行的全面員工意見調查。
調查所得的資料現正進行評估，其結果對於人力資源管理和提高服務質素工作方面的未來發展，將可提供寶貴的指引。
部門行政部由屬首席行政主任職級的部門秘書掌管，其日常的工作主要與員工事務有關。
整體而言，部門行政部負責多種涉及人力資源管理、記錄和系統管理、一般辦公室行政工作、翻譯服務，以及調配部門運輸資源的工作。
在廣泛使用中文的眾多推廣活動中，「中文日」最為矚目。
參加中文日各項比賽和錄影帶欣賞會的員工，約達300 名。
自推廣使用中文工作小組於一九九六年三月成立以來，透過增加中文的培訓課程、把視窗電腦系統的中文版升級，以及提供更多中文字典和文書處理設備，一直有效地向員工推廣使用中文。
本署除採取多項措施使各員工清楚了解其公共服務目標的「抱負、使命及信念」外，還在一九九八年五月舉行了兩次為期半日的研討會，激發署內的專業和有關職系的人員就此課題進行討論。\ 其後，曾參與研討會的400 名員工在其所屬組別再舉行會議和組織討論小組，藉以進一步宣傳部門所定「抱負、使命及信念」的基本理念和原則，以及把這些原則應用於日常的工作和事務。
在一九九八年十二月至一九九九年二月期間，署方亦跟進為專業及督察級人員舉行15 次全日的「擁有抱負、使命及信念工作坊」。
除最近進行的意見調查外，員工亦可經常透過體制完善的部門協商委員會表達意見。
該委員會由副署長出任主席，設有八個支援的小組委員會，全年均定期舉行會議，藉以加強管職雙方的溝通，促進彼此的融洽關係。
此外，署方亦與五個主要代表部門職系人員的職工會保持密切聯絡，商討有關人事編制、員工培訓和工作量等事宜。
另一方面，本署亦推行員工建議書獎勵計劃，並為此設立一個專責委員會，由副署長擔任主席。舉凡有關服務水平、工作效率、公眾形象、善用人力資源和設備的節流措施、激勵員工和提高工作興趣及士氣等員工建議，均交由該委員會評審。
對於有助改善服務和提高運作效率的建議，署方會根據其優點和可行性，頒發現金獎或嘉許獎狀，以資獎勵。
為促進團結合作精神，激發員工對工作的興趣，本署亦經常舉辦各類服務表現比賽，優勝者可獲發現金獎或獎狀。年內，本署曾舉辦十項有關客戶服務和工作表現的比賽。
同時，本署也經常舉辦各種體育賽事，以促進員工關係，為員工提供有益身心的活動。年內舉辦的保齡球、三人籃球、網球、壁球和羽毛球等十項體育賽事，員工均踴躍參加。
為嘉許表現優異或長期服務的員工，以及各項體育賽事的得獎者，署方每年年中均會舉行頒獎典禮。
在一九九九年二月舉行的規劃、環境及地政/ 工務部門運動會中，水務署共奪得十五面金牌、十三面銀牌和十五面銅牌，因而贏得男、女子最佳運動員和全場最佳部門獎。
同時，本署也舉辦各種康樂活動，包括周年聚餐、春節兒童聯歡會、龍舟競渡和部門郊遊活動。
另一方面，本署設有水務署福利基金，為有需要的員工提供免息貸款、補助金和其他援助，同時資助各項社交、康樂和體育活動、提供運動器材、支付探望留醫患病員工所需的費用，並為初級員工提供子女購書補助金。
此外，本署亦設有獎學金，表揚那些在香港中學會考取得優異成績的員工子女。
員工福利方面，本署分別在一九七零和一九八零年代成立兩個儲蓄互助社，以非牟利的合作組織形式為員工提供福利。除提供信貸服務外，該兩個互助社還鼓勵會員儲蓄。
除此之外，本署每季均出版一份名為「點滴」的中英雙語通訊，專門報道員工的消息和活動，並分發給全體員工閱讀。