年內，財務管理科推行多項嶄新的工作，令服務更趨完善，在一九九九年三月實施的抄錄終結用戶水錶讀數的工作，便是其中一環。
該科進行的其他重要工作，還包括增強及測試發單資料系統及電子抄錶系統，使之順利過渡公元二千年，並且為客戶諮詢中心設計和發展資訊系統。
此外，該科亦為客戶諮詢中心及電話諮詢組進行客戶意見調查。自一九九八年八月起，客戶諮詢中心星期一至五的服務時間已經延長。到了一九九九年四月，服務時間將會進一步延長。
財務管理科負責的六種職務均與市民息息相關，這些職務分別為財政、用戶帳務、管理會計及系統、物料供應、客戶諮詢及抄錶事務。
目前，市民可透過全港八間客戶諮詢中心與本署直接接觸。各中心均設電腦終端機，以聯機方式提供水費帳戶的資料。
另外兩個溝通途徑，分別為電話諮詢組及「水務諮詢靈」自動電話資訊服務。其中「水務諮詢靈」現時更以粵語、普通話和英語，為客戶提供水務及帳戶資料。
財務管理科由一名屬庫務署助理署長職級的業務經理掌管，須直接向水務署副署長負責，另有兩名高級庫務會計師和一名總物料供應主任輔助。
該科轄下財務組及用戶帳務組，由一名高級庫務會計師掌管，他負責協助部門的高層管理人員制訂資源分配和每年製備預算草案的工作。此外，該名高級庫務會計師亦負責檢討和監察部門的開支，以及檢討和精簡各項涉及部門財政和水務帳戶的財務制度及程序。
至於另一名高級庫務會計師，則負責監督管理會計及系統組、客戶諮詢組和抄錶組的運作。
管理會計及系統組由一名庫務會計師掌管，負責水費及排污費發單系統的一切運作事宜。該組須就系統修訂和改善事務，與庫務署和各個使用有關系統的組別聯絡磋商；並須就各項新計劃展開可行性研究，以及檢討所有電腦和人手操作系統。除此之外，管理會計及系統組亦為水費和其他收費的檢討工作，擬備成本計算表，並製備經營帳目和五年收支推算，每年提交水務帳目委員會審議，以便檢討水費。
物料供應組由一名總物料供應主任掌管，職責包括所有物料供應事務的執行和管理工作，並負責供應和採購各種物料。
內部稽核組由一名庫務會計師掌管，負責定期查核本署的財務會計系統，並直接向水務署副署長負責。
審計署署長在有關政府部門生產力的報告書中，提到部分抄錶員在執行戶外工作時的簽到問題。
本署除對有關員工作出紀律處分外，並且採取多項行政措施以改善情況，包括：