設計及建設科負責落實執行各項工程計劃。未來數年，該科會動用約100億元進行多項大型工程計劃，為全港新房屋區及其他發展區供水。
其他多項進入後期階段的工程計劃如期進行，計有牛潭尾濾水廠第一階段工程(日產量23萬立方米)、大埔濾水廠第一階段工程(日產量25萬立方米)及為天水圍預留區進行的供水系統擴展工程。至於為油塘區、大埔白石角及數碼港擬議發展區供水的計劃，亦已相繼動工。
此外，正在進行的項目還有東涌新市鎮供水系統建造工程、屯門和將軍澳新市鎮的供水系統擴展工程、深井濾水廠第二階段的建造工程、為西九龍填海區第二階段進行的供水系統擴展工程，以及港九兩地的供水系統改善工程。
一九九八至九九年度由基本工程儲備基金撥付的開支，共約29億元。
設計及建設科根據策劃部所擬備的可行性和規劃研究報告，落實執行有關的工程計劃，以應付預計的用水需求。該科由一名助理署長掌管。
該科曾致力擴展原水輸送系統，以接收廣東省對港增加的供水。繼該項工作在九十年代中期完成後，該科便著手執行多項重要工作，以擴建各類食水處理、儲存及分配設施。
掌管該科的助理署長有多名總工程師予以輔助，他們分別主管多個專責設計、建設、工程管理和顧問工程管理事務的分部。水務署日常的一般工作，均由內部的專業人員負責，而特別的工程計劃項目，則委託顧問公司負責。
設計部負責為各項由水務署內部人員主理的水務工程計劃，按時製備詳細的設計、擬備招標文件和進行招標。在處理各項委託其他部門進行的水務工程計劃期間，設計部亦會就設計和擬備合約的事宜，與有關部門及其顧問聯絡，以免出現銜接配合的問題。
在設計部曾參與的計劃中，較受注目的計有港島中西區、半山區、北角、油塘、茶果嶺、鯉魚門、將軍澳、天水圍、大埔，以及元朗和屯門區的食水及海水供應系統。同時，該部編製一套設計標準文件和水管敷設程序指南，並推行水管圖則數碼化的工作。
建設部負責執行配水庫、濾水廠和水管等水務設施的建造合約，以及監督有關的工程；並負責管理工料測量組、土地測量組和物料管制的工作。
年內，建設部共批出四份合約，總值達1.9億元。
該部現正加強品質管理，以期在二零零一年前取得ISO9000認證證書。
兩個顧問工程管理部負責執行和管理各項委託顧問進行的新工程計劃和特別研究，並負責甄選顧問和管理顧問合約。年內，兩個顧問工程管理部共負責約20項大型水務工程計劃的顧問合約，包括採用生物過濾、臭氧化程序及氣泡浮聚淨化程序等先進濾水科技的牛潭尾濾水廠和大埔濾水廠興建工程計劃。其他大型工程計劃計有：鄰近水務設施的700個已登記斜坡的檢查與維修、應付天水圍區新建樓宇的用水需求的供水計劃、為符合最新法例規定而在現有濾水廠進行的污泥處理計劃，以及全港的水管修復工程計劃。
工程管理部專責管理各項署內執行的工程計劃，主要負責加強內部的工程執行和管理能力，務求在不超出預算的情況下如期完成各項水務工程計劃，並確保它們能保持現有各項服務和設施的卓越水準。