水務署是少數設有客戶服務的政府部門。水務署供水所牽涉的工作有多複雜，其客戶服務所涵蓋的工作便有多廣泛。除了確保客戶獲得優質的服務外，他們亦要執行《水務設施條例》及《水務設施規例》的各項規定。

水務署在全港各區設有5個客戶諮詢中心，為親身來到諮詢中心的用戶處理查詢、帳戶轉名、驗錶、釣魚牌照等申請，其中大角咀客戶諮詢中心亦處理售賣水票事宜。

水務署於1999年成立客戶電話諮詢中心，以「一站式」的概念處理各類有關水管爆裂、漏水、供水中斷、水費等查詢或投訴，較早年已使用資訊科技來分流市民的查詢，後來更開始向用戶提供24小時客戶服務，風雨不改地服務市民。

助理電話中心經理郭慶榮表示，他們是客戶接觸水務署的最前線。所有與用水相關的事情，市民第一時間都會想起水務署，「街道渠蓋出水，單位天花滲水，市民都會致電熱線。我們需要耐心了解，確認在我們職責範圍內如何提供協助。」2018年颱風山竹襲港，部分地區因颱風停電，連帶影響水泵房運作，不少市民來電反映沒有食水供應，「那天我們收到3,000多個市民電話，同事連續工作40多個小時，既要了解市民的情況，也要與各區同事聯絡，安排水車或其他維修工作。」像這類大型事故，水務署會與其他部門共同啟動緊急事故監察及支援中心，協調各樣安排，「那次南區民政事務專員也有聯絡我們，她因為擔心大潭水塘溢洪會淹浸下游的村落，於是我們便聯絡前線同事下調水塘水位，以騰出空間儲存雨水。」

2022/23年度，客戶電話諮詢中心接獲的電話查詢及服務申請數目逾675,000個。郭慶榮表示，自己身為客戶服務人員，每天接觸市民，有時也要理解他們的需要與難處，以提供適切的協助，「記得有一年在復活節長假期第一天，收到一位客戶投訴，指家中沒有食水。我們經了解後發現，應該是前任租客搬走後，新租客一直沒有處理承接帳戶事宜。當帳戶過了繳費限期後，我們便按程序拆走水錶。言談間我們知道他家人有特別需要，況且一連幾天假期在家沒有食水供應，的確很令人困擾。由於對方答應假期後會立刻到客戶諮詢中心辦理手續，於是我們便提早派同事上門安裝水錶。事後也得到客戶讚許。」

今天的新發展區在規劃階段已同步建設供水及道路網絡等基礎設備，但對於一些早年發展、並未有自來水供應的地區，則需要向水務署申請供水。檢控組總水務督察黃志勞指，2000年愉景灣的輸水工程應該是他參與過最大規模的供水申請項目。位於大嶼山的愉景灣，自上世紀八十年代興建以來，一直由發展商自行處理集水及濾水事宜。然而，隨着水塘水位下降、區內人口增加等因素，加上大嶼山赤鱲角新香港國際機場亦已落成，愉景灣遂申請要求水務署伸延原來的供水網絡，在翔東路經愉景灣隧道供水予當區居民。

隨着水務署供水，愉景灣原來由私人營運的食水及消防供水系統，變成受水務署規管的內部供水系統，故整套系統需要符合水務署的標準及要求。整個接駁供水安排於2000年12月順利完成，事前準備工夫卻要歷時數年。黃志勞指，單單是安裝6,064隻新水錶已經需要半年時間，還要監管區內的喉管更新及防漏工作，這都有賴各組同事通力合作，「視察組同事負責前期視察及審批，檢查物料是否合規格、抽取水樣本化驗等等；抄錶組同事在『通水』前兩天，要抄錄所有水錶的用水量作水費計算的基數；還有會計部同事協助開立帳戶、發放帳單等。」如此大規模的供水轉換工作並不常有，可幸到正式供水那天，一切順利正常。