多位皇家醫生於十九世紀期間都就香港衞生情況發表報告。排污、糞便處理以及旱廁等，都是他們重點批評的衞生問題。1880年代的港督軒尼詩爵士，就「水廁」與「旱廁」孰較適合香港華人社會，曾與皇家醫生持相反意見。他引述由英國派駐北京工作的杜德珍醫生（Dr. Dudgeon）的論述，提出中國人善用排泄物作農耕的肥料，反而歐洲的水廁是當時疾病的溫床，旱廁雖臭，但人們卻沒有因而染病¹。

不過收集糞便（夜香）用於農耕的模式，也隨香港走向商業貿易發展而逐步改變；同時，早年英國來港軍人和歐洲商人亦時有感染疫症，這對於政府在改善環境設施，以及建築物規格等施政上都帶來壓力。

殖民地事務大臣委派的顧問工程師查維克爵士（Sir Osbert Chadwick）於1882年發表了《查維克先生對香港衞生情況的報告》（一般稱為《查維克報告》），仔細檢視當時香港基礎及屋宇建設與衞生的關係。早年香港只有歐洲人的樓房設有水廁，華人社會則普遍以木桶裝載排泄物，然後人手運送清理；坊間的公廁多屬私營，旨在收集糞便作肥料出售，行業有利可圖，政府毋須投放公帑處理²。

查維克爵士又檢視當時的疾病數據、各社會階層及地區收集糞便的密度及方法、排泄物內細菌滋長時間、私營公廁不同用料孰較容易存留細菌等因素，鉅細無遺地指出當中隱憂，確立了香港全面發展水廁及改善排污系統的合理性，特別是在營房、醫院等人口集中的地方。

《查維克報告》發表後翌年，政府成立了潔淨局（即市政局³的前身），專責監督香港的衞生情況。不過，受制樓房舊有規格，要待1940年代初，政府才全面規管酒樓茶室安裝水廁，業界初期都有不少反對聲音。另一方面，食水長期供應不足，早期的沖水式廁所，大都只會接駁井水、山澗水及天然雨水等未經處理的淡水水源作沖廁。

到了1954年，政府修訂法例，禁止市民用自來水沖廁，違者可被罰款500元。不過，當時缺水問題，豈止自來水，井水及山澗水也同樣缺乏；沒水沖廁，市政局當時亦擔心系統新不如舊，環境污染更為嚴重。

1950年代中以後，石硤尾大火促使政府大規模發展公營房屋，此舉亦成了普及引入水廁及地區污水渠系統的契機。1957年，當局在石硤尾徙置區及李鄭屋徙置區安裝海水沖廁系統作實驗。最早期的徙置大廈的廁所屬水槽式設計的共用水廁，後來才改為單位內設獨立抽水馬桶。

1959年，政府增訂了《建築物（衞生設備標準、水管裝置、排水工程及廁所）規例》，其第19條規定新落成的私人樓宇必須設有沖水式排污系統裝備，即包括：抽水系統、排污渠、抽水馬桶及其他裝置。水廁，從此成為市民生活的必需品，海水沖廁網絡亦逐步擴展。1965年，政府再進一步立法，規定新建樓宇或重建樓宇必須設有適合海水沖廁系統的管道。香港城市建設中食水與沖廁水分流的供應系統藍圖亦從此敲定。

香港三面環海，有利發展全面的海水沖廁系統，香港亦因此建立出一套獨立於食水供應系統的海水沖廁系統。由於海水處於內陸以外最低位置，水質要求和相應處理亦有所不同，故海水與食水的配水方法並不相同，詳情可參看第三章《香港配水系統的原理與獨特性》一文。

目前香港整個海水沖廁系統共有35個抽水站及55個配水庫，總儲存量近26萬立方米，還有約1,600公里⁴長的海水輸水管。喉管物料主要為水泥內搪的球墨鑄鐵管、水泥或環氧樹脂內搪的軟鋼管，及塑料（聚乙烯）管。

截至2022年底，海水供應網絡覆蓋全港約85%的人口，香港現時堪稱世上唯一如此廣泛應用海水沖廁的城市。以2021/22年度計算，沖廁海水耗用量為3.2億立方米，是同年食水耗用量的31%。至於成本方面，水務署處理沖廁海水的平均成本約為每立方米4元，而食水的平均成本則約為每立方米10元，相差約2.5倍。由此可見，半世紀以來不斷拓展經營的海水沖廁系統，在水資源方面的開源節流，甚至分流的成效都相當顯著。英國水務及環境管理學會於2001年， 頒發了「2001年土木工程師學會 Chris Binnie 持續水務管理大獎」予香港水務署的海水沖廁項目，表揚此舉在可持續水務管理的成就，可供世界其他地方借鏡。

東涌東填海區於2021年初，亦展開了海水抽水站、海水配水庫以及相關管道的工程，藉此擴大本港沖廁海水供應的覆蓋範圍。然而，考慮到香港中部及北部的內陸地區，人口分散，部分遠離海岸，目前仍以食水沖廁在技術上較為可行，且符合成本效益。水務署亦積極探討由中央系統供應「循環再用水」（即再造水、重用中水和回收雨水）作沖廁及其他非飲用用途，詳情可參看本章《水資源生力軍》一文。