水務設施有賴日常維修，確保它們維持最佳運作狀態，但難以預計的天災卻有機會對設施造成損耗、甚至破壞。水務署的前線維修人員便曾經在多處經歷了天災帶來的維修挑戰。
2018年的超強颱風山竹可以說是香港人的集體回憶，說颶風過後滿目瘡痍並不為過，當時遍地塌樹，多處道路下陷，交通癱瘓，對習慣了安定安全的香港市民來說，相當震撼。這景象出現前的十多小時，時為夜半，香港正陷於風眼，屯門與長洲兩區的水務設施更受到衝擊，樂安排海水抽水站的泵房亦因供電故障，運作受影響，瀕臨水淹；位於長洲山頂位置的長洲食水配水庫則因為大樹倒塌扯斷大口徑的輸水管，暴雨中爆出沖天水柱，配水庫面臨乾塘危機。兩區協助搶修的水務人員，在風雨交加的路上跨過重重障礙，有如置身災難電影的險境。
入職水務署逾30年的助理電機督察陳發龍憶述，當晚10號颱風訊號懸掛時，收到上司來電，得知屯門樂安排海水抽水站泵房停止運作。由於泵房停止運作會影響屯門及元朗兩區數十萬人口的海水供應，造成市民不便。當晚待10號風球回落後，陳發龍隨即安排與同事趕赴現場了解情況，希望可從速解決問題。由馬鞍山住所出發，他先往屯門接載高級技術主任彭志強，平常一小時的車程，在颶風下步步為艱，狂風暴雨下，駕車有飄移感，屯門公路多處路段亦被倒塌的大樹攔路，非常驚險，他們被迫折返至深井，改行青山公路，再往樂安排，結果足足擾攘了3小時才到埗，下車後又是一番折騰才能進入廠房。
檢查後發現，泵房停止運作是因為配電站遭受破壞，停止供電，但要重啟控制系統，需要執行多個檢測工序，包括電力保護裝置和分散式控制系統等。待系統回復正常，抽水泵運作時流量又出現問題，他們需要繼續搶修。期間8號風球仍然懸掛，但無論天氣怎樣，他們都繼續與時間競賽，冀儘快恢復海水供應。
另一邊廂，技工葉其青及當時任職二級工人的李煒森，則在長洲經歷另一場與大自然的搏鬥。當時島上食水由山頂上的食水配水庫供應，透過一條沿山而建、直徑為450毫米的大碼輸水管輸送至海旁民居。颱風期間該水管被旁邊連根拔起的大樹一併扯斷，爆出沖天水柱，遠至海旁亦可看見。葉其青稱，當時最擔心配水庫內的食水耗盡，於是當時資歷尚淺的李煒森，伙拍年資屬父輩級的葉其青和另外兩位同事，一行4人設法登山至配水庫關閉水掣。平日登山之路因為山泥傾瀉，無法通行。本身在長洲長大的葉其青熟悉該處地形，便帶領眾人取道海旁小路登山，但海旁風勢更為猛烈，路上盡是水浸與泥濘，原來走在前頭的李煒森一不小心半身陷進泥潭，非常驚險，幸各人互相攙扶才能脫身，繼續登上數百級樓梯到達配水庫，一心一意要完成任務。
兩區水務人員在夜半颶風中都化解了原本有機會加劇的供水問題，翌日早上颶風遠離後，他們可以舒一口氣吃個豐富早餐，但難關過後還有很多善後工作，例如長洲主配水管供水中斷，他們需要駁通次配水管，維持該區供水，工作沒有停下。回想當日，他們都異口同聲的表示很高興能克服困難，避免對市民造成不便，也為自己的工作感到自豪。
2008年6月7日，香港天文台在早上8時至9時錄得145.5毫米雨量，是當時香港有記錄以來，雨量最高的一小時，全日雨量逾300毫米，全港多個地區出現水浸，而大澳附近的羌山路因山泥傾瀉引發路陷，唯一對外的陸路交通中斷，多處水管亦嚴重損毀。退休前分別為總技術主任及高級工程師的謝雲龍與鄧漢賢，當年有份參與大澳的搶修行動。這次百年一遇的突發事件影響範圍甚廣，之前從來未遇過，「如何應變有賴同事的專業判斷，當然還有整個團隊的合作。」
當時滂沱大雨，大澳濾水廠的來水突然中斷。鄧漢賢解釋，該廠的原水主要來自二澳集水區及石壁水塘，透過輸水管道送進廠內，經處理後再分派至附近地方。濾水廠沒有來水，表示原水輸水管或其他水務設施出現問題，但原因不明。時任水務署署長馬利德在事發當晚親自到現場了解情況，當時謝雲龍與其他前線人員已經做了一天的檢查，「同事沿兩條來水管道進行檢查，確認水管損毀位置，再進行緊急復修。復修好了，便通知在濾水廠的同事重開水掣，如果濾水廠還沒有恢復來水，表示水管還有其他地方損毀，同事要繼續沿水管檢查，再進行復修。」當時大澳通訊中斷，智能手機亦未普及，整個搶修隊只有一部按鍵式手提電話，可以經內地網絡撥打長途電話聯絡濾水廠，「同事唯有步行往返濾水廠與水塘，腳程每回差不多要兩小時，就是為了確認復修是否成功。」
另一邊廂，大澳食水供應中斷，水務署需要為6,000多名居民提供緊急臨時食水。由於羌山道全線封閉，未能安排水車供水，故只可利用運水船將大型食水缸送到大澳公眾碼頭，方便沿岸居民取水；另外，水務署亦安排定期合約承建商利用小艇沿河流將樽裝水運送給附近民居。至於山上情況，因通訊中斷，鄧漢賢與同事需要冒着大雨，徒步上山親自視察，「大雨及山泥傾瀉使山溪變得混濁，由於沒有食水及食物供應，有些人已經開始撤離，但亦有一些體弱長者未能下山。當時我們見到飛行服務隊空投食物及樽裝水予山上居民，我們便想，是否可以用直升機將水缸吊上山呢？」他們遂聯絡飛行服務隊作協調及安排，促成了全港首次用直昇機吊水箱的創舉。
就在大澳濾水廠水管仍在搶修之時，位於大嶼山南面的長沙濾水廠，來水在大雨下夾雜了大量泥漿，濾水廠處理需時，但配水庫水位當時急劇下降。謝雲龍便乘快艇趕赴現場，派出同事從長沙濾水廠出發，沿水管走線檢查是否有喉管爆裂，「後來發現消防員開水喉清洗街道的泥漿，以致配水庫水位急降，我們唯有請消防同事先停止清洗。」為確保供水充足，水務署向食物環境衞生署緊急借調6部新購入的水車，安排每日24小時從銀鑛灣濾水廠把處理好的食水沿嶼南路運往長沙食水配水庫。另一邊廂，退休前為水務署總化驗師的郭有定，亦奉召到長沙濾水廠，連續4日4夜負責監督清洗濾水及儲水設施，為恢復供水作準備。
至於位於大嶼山西南面的石壁監獄及沙咀懲教所1，大雨後亦出現供水中斷。石壁監獄的用水直接來自石壁水塘，由懲教當局自行濾水處理。當日長時間暴雨，水塘的水變得異常混濁，故水務署亦需要為石壁監獄安排臨時供水，「長沙濾水廠處理後的食水，會沿嶼南路、水口泵房，到大浪灣食水缸，我們同事在這那裡加裝了臨時喉管裝置，再沿石壁水塘路鋪設一條長約一公里的膠喉管，連接至擺放在石壁監獄前的食水箱作臨時使用。」
回到大澳濾水廠附近的喉管復修工程，搶修隊同事花了整整4日4夜，逐一確認損毀位置，共修復了6段輸水管，恢復了大澳濾水廠的來水，讓大澳濾水廠可以重新處理食水。然而，部份輸送食水至大澳居民的管道充斥淤泥，唯有靠重開水掣，利用經處理的食水來清洗水管內部，「這樣管內泥沙會直達用戶處，充塞水錶，因此前線同事必須趕在正式供水前，逐家逐戶拆水錶沖水清洗。」當時受影響的大澳住戶約有600戶。水務署需再調動香港及離島區、九龍區的部門人員，自備工具糧水，下班後趕入大澳增援。由於當時陸路交通尚未恢復，有水務人員在東涌坐船，有的則乘車往羌山道徒步進入。最終各人通宵完成所有清洗喉管及水錶的工作，翌日準時中午12時恢復供水。歷時5日4夜的緊急搶修行動，動員超過200多人，最終能準時完成，水務署及承建商人員都感到非常感恩。
- 2009年以前稱為沙咀勞役中心及沙咀勞教中心